Enzym-Finder

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Name Sequenz ? Überhang Eigenschaften ? Isoschizomere
Aat II G↑ACGT↓C 3′ ACGT
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
ZraI*
Acc I GT↓MK↑AC 5′ MK
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
Bsh1236I, BspFNI, BstFNI, BstUI, MvnI
Acc III T↓CCGG↑A 5′ CCGG
  • 65°
  • AccIII
  • No
  • Dam
Aor13HI, BseAI, Bsp13I, BspEI, Kpn2I, MroI
Acu I CTGAAGN₁₄↑NN↓ 3′ NN
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
Eco57I
Afl II C↓TTAA↑G 5′ TTAA
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
BfrI, BspTI, BstAFI, MspCI, Vha464I
Age I A↓CCGG↑T 5′ CCGG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
AsiGI, BshTI, CspAI, PinAI
Alw I GGATCNNNN↓N↑ 5′ N
  • 37°
  • IV
  • No
  • Dam
  • FcB
AclWI, BspPI
Alw26 I GTCTCN↓NNNN↑ 5′ NNNN
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
BcoDI, BsmAI, BstMAI
Apa I G↑GGCC↓C 3′ GGCC
  • 25°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
Bsp120I*, PspOMI*
ApaL I G↓TGCA↑C 5′ TGCA
  • 37°
  • IV
  • No
  • CpG
  • FcB
Alw44I, VneI
Apo I R↓AATT↑Y 5′ AATT
  • 50°
  • III
  • 80°
  • FcB
AcsI, XapI
Asc I GG↓CGCG↑CC 5′ CGCG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
PalAI, SgsI
Ava I C↓YCGR↑G 5′ YCGR
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
Ama87I, BmeT110I, BsiHKCI, BsoBI, Eco88I
Ava II G↓GWC↑C 5′ GWC
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
Bme18I, Eco47I, SinI, VpaK11BI
Avr II C↓CTAG↑G 5′ CTAG
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • FcB
AspA2I, BlnI, XmaJI
Bal I TGG⇅CCA Blunt
  • 37°
  • BalI
  • 65°
  • Dcm
MlsI, MluNI, Mox20I, MscI, Msp20I
BamH I G↓GATC↑C 5′ GATC
  • 37°
  • BamHI
  • No
  • FcB
-
Bcl I T↓GATC↑A 5′ GATC
  • 50°
  • III
  • No
  • Dam
  • FcB
FbaI, Ksp22I
Bgl I GCCN↑NNN↓NGGC 3′ NNN
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • FcB
-
Bgl II A↓GATC↑T 5′ GATC
  • 37°
  • III
  • No
  • FcB
-
Bsa I GGTCTCN↓NNNN↑ 5′ NNNN
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
Bso31I, BspTNI, Eco31I
BsaW I W↓CCGG↑W 5′ CCGG
  • 60°
  • IV
  • 80°
  • FcB
-
BsiW I C↓GTAC↑G 5′ GTAC
  • 55°
  • III
  • 80°
  • CpG
  • FcB
Pfl23II, PspLI
BsmB I CGTCTCN↓NNNN↑ 5′ NNNN
  • 55°
  • III
  • 80°
  • CpG
  • FcB
Esp3I
BsoB I C↓YCGR↑G 5′ YCGR
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • FcB
Ama87I, AvaI, BmeT110I, BsiHKCI, Eco88I
BspE I T↓CCGG↑A 5′ CCGG
  • 37°
  • III
  • 80°
  • CpG
  • Dam
  • FcB
AccIII, Aor13HI, BseAI, Bsp13I, Kpn2I, MroI
BsrF I R↓CCGG↑Y 5′ CCGG
  • 37°
  • IV
  • No
  • CpG
  • FcB
Bse118I, BssAI, Cfr10I
BstY I R↓GATC↑Y 5′ GATC
  • 60°
  • II
  • 80°
  • FcB
BstX2I, MflI, PsuI
BtsC I GGATG↑NN↓ 3′ NN
  • 50°
  • IV
  • 80°
  • FcB
BseGI, BstF5I, FokI*
Cfr10 I R↓CCGG↑Y 5′ CCGG
  • 37°
  • Cfr10I
  • No
  • CpG
  • FcB
Bse118I, BsrFI, BssAI
Cfr42 I CC↑GC↓GG 3′ GC
  • 37°
  • I
  • 65°
  • CpG
  • FcB
KspI, SacII, Sfr303I, SgrBI
Cfr9 I C↓CCGG↑G 5′ CCGG
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
SmaI*, TspMI, XmaI
Cla I AT↓CG↑AT 5′ CG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • Dam
  • FcB
Bsa29I, BseCI, BshVI, BspDI, Bsu15I, BsuTUI
CviA I ↓GATC↑ 5′ GATC
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • Dam
  • FcB
-
Dde I C↓TNA↑G 5′ TNA
  • 37°
  • III
  • 65°
  • FcB
BstDEI, HpyF3I
Dpn I GA⇅TC Blunt
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • FcB
MalI
Dpn II ↓GATC↑ 5′ GATC
  • 37°
  • DpnII
  • 65°
  • Dam
  • FcB
Bsp143I, BssMI, BstKTI*, BstMBI, Kzo9I, MboI, NdeII, Sau3AI
Dra I TTT⇅AAA Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
-
Eag I C↓GGCC↑G 5′ GGCC
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • FcB
BseX3I, BstZI, EclXI, Eco52I
Eco47 I G↓GWC↑C 5′ GWC
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
AvaII, Bme18I, SinI, VpaK11BI
EcoN I CCTNN↓N↑NNAGG 5′ N
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
BstENI, XagI
EcoO109 I RG↓GNC↑CY 5′ GNC
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • Dcm
  • FcB
-
EcoR I G↓AATT↑C 5′ AATT
  • 37°
  • EcoRI
  • 65°
  • CpG
  • FcB
-
EcoR V GAT⇅ATC Blunt
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • FcB
Eco32I
EcoT38 I G↑RGCY↓C 3′ RGCY
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
BanII, Eco24I, FriOI
Esp3 I CGTCTCN↓NNNN↑ 5′ NNNN
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
BsmBI
Fok I GGATGN₉↓NNNN↑ 5′ NNNN
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
BseGI*, BstF5I*, BtsCI*
Fsp I TGC⇅GCA Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
Acc16I, NsbI
Hae II R↑GCGC↓Y 3′ GCGC
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
BfoI, BstH2I
Hae III GG⇅CC Blunt
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • FcB
BshFI, BsnI, BimgI, BsuRI
Hga I GACGCN₅↓NNNNN↑ 5′ NNNNN
  • 37°
  • I
  • 65°
  • CpG
  • FcB
CseI
Hinc II GTY⇅RAC Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
HindII
XmaI C↓CCGG↑G 5′ CCGG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
Cfr9I, SmaI*, TspMI
Hind II GTY⇅RAC Blunt
  • 37°
  • II
  • 65°
  • CpG
  • FcB
HincII
Hind III A↓AGCT↑T 5′ AGCT
  • 37°
  • II
  • 80°
  • FcB
-
Hinf I G↓ANT↑C 5′ ANT
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
-
HinP1 I G↓CG↑C 5′ CG
  • 37°
  • II
  • 65°
  • CpG
  • FcB
AspLEI*, BstHHI*, CfoI*, HhaI*, Hin6I, HspAI
Hpa I GTT⇅AAC Blunt
  • 37°
  • IV
  • No
  • CpG
  • FcB
KspAI
Hpa II C↓CG↑G 5′ CG
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
BsiSI, HapII, MspI
Hph I GGTGAN₇↑N↓ 3′ N
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • Dam
  • FcB
AsuHPI
Hpy188 I TC↑N↓GA 3′ N
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • Dam
  • FcB
-
Hpy99 I ↑CGWCG↓ 3′ CGWCG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
-
HpyCH4 V TG⇅CA Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
-
Kpn I G↑GTAC↓C 3′ GTAC
  • 37°
  • I
  • No
  • FcB
Acc65I*, Asp718I*
Kpn2 I T↓CCGG↑A 5′ CCGG
  • 55°
  • I
  • 80°
  • CpG
  • FcB
AccIII, Aor13HI, BseAI, Bsp13I, BspEI, MroI
Lsp1109 I GCAGCN₈↓NNNN↑ 5′ NNNN
  • 37°
  • III
  • 65°
  • FcB
BbvI, BseXI, BstV1I
Mbo I ↓GATC↑ 5′ GATC
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • Dam
  • FcB
Bsp143I, BssMI, BstKTI*, BstMBI, DpnII, Kzo9I, NdeII, Sau3AI
Mbo II GAAGAN₇↑N↓ 3′ N
  • 37°
  • II
  • 65°
  • Dam
  • FcB
-
Mlu I A↓CGCG↑T 5′ CGCG
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • FcB
-
Xho I C↓TCGA↑G 5′ TCGA
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
PaeR7I, Sfr274I, SlaI
Mnl I CCTCN₆↑N↓ 3′ N
  • 37°
  • II
  • 65°
  • FcB
-
Mse I T↓TA↑A 5′ TA
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
SaqAI, Tru1I, Tru9I
Msp I C↓CG↑G 5′ CG
  • 37°
  • IV
  • No
  • FcB
BsiSI, HapII, HpaII
MspA1 I CMG⇅CKG Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
-
Mun I C↓AATT↑G 5′ AATT
  • 37°
  • II
  • 65°
  • FcB
MfeI
Nae I GCC⇅GGC Blunt
  • 37°
  • I
  • 65°
  • CpG
  • FcB
MroNI*, NgoMIV*, PdiI
Nco I C↓CATG↑G 5′ CATG
  • 37°
  • III
  • 65°
  • FcB
Bsp19I
Nde I CA↓TA↑TG 5′ TA
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
FauNDI
NgoM IV G↓CCGG↑C 5′ CCGG
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
MroNI, NaeI*, PdiI*
Nhe I G↓CTAG↑C 5′ CTAG
  • 37°
  • II
  • 65°
  • CpG
  • FcB
AsuNHI, BmtI*, BspOI*
Nla IV GGN⇅NCC Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
BmiI, BspLI, PspN4I
Not I GC↓GGCC↑GC 5′ GGCC
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • FcB
CciNI
Nru I TCG⇅CGA Blunt
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • Dam
  • FcB
Bsp68I, BtuMI, RruI
Nt.BstNB I GAGTCNNNN↓ Nicht vorhanden
  • 55°
  • III
  • 80°
  • FcB
-
PaeR7 I C↓TCGA↑G 5′ TCGA
  • 37°
  • IV
  • No
  • CpG
  • FcB
Sfr274I, SlaI, XhoI
PflM I CCAN↑NNN↓NTGG 3′ NNN
  • 37°
  • III
  • 65°
  • Dcm
  • FcB
AccB7I, Van91I
Ple I GAGTCNNNN↓N↑ 5′ N
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
MlyI*, PpsI, SchI*
PluT I G↑GCGC↓C 3′ GCGC
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
DinI*, EgeI*, EheI*, KasI, SfoI*
PspG I ↓CCWGG↑ 5′ CCWGG
  • 37°
  • IV
  • No
  • Dcm
AjnI, BciT130I*, BseBI*, BstNI*, Bst2UI*, EcoRII, MvaI*, Psp6I
Pst I C↑TGCA↓G 3′ TGCA
  • 37°
  • III
  • 80°
  • FcB
BspMAI
Xba I T↓CTAG↑A 5′ CTAG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • Dam
  • FcB
-
Tth111 I GACN↓N↑NGTC 5′ N
  • 65°
  • IV
  • No
  • FcB
PflFI, PsyI
TspM I C↓CCGG↑G 5′ CCGG
  • 75°
  • IV
  • No
  • CpG
  • FcB
Cfr9I, SmaI*, XmaI
Taq I T↓CG↑A 5′ CG
  • 65°
  • III
  • 80°
  • Dam
  • FcB
-
Swa I ATTT⇅AAAT Blunt
  • 25°
  • III
  • 65°
  • FcB
SmiI
Pvu I CG↑AT↓CG 3′ AT
  • 37°
  • III
  • No
  • CpG
  • FcB
Ple19I
Pvu II CAG⇅CTG Blunt
  • 37°
  • II
  • No
  • FcB
-
Rsa I GT⇅AC Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
AfaI, Csp6I*, CviQI*, RsaNI*
Sac I G↑AGCT↓C 3′ AGCT
  • 37°
  • I
  • 65°
  • FcB
Ecl136II*, EcoICRI*, Eco53kI*, Psp124BI, SstI
Sac II CC↑GC↓GG 3′ GC
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
Cfr42I, KspI, Sfr303I, SgrBI
Sal I G↓TCGA↑C 5′ TCGA
  • 37°
  • III
  • 65°
  • CpG
  • FcB
-
Sau96 I G↓GNC↑C 5′ GNC
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
AspS9I, BmgT120I, Cfr13I, PspPI
Sbf I CC↑TGCA↓GG 3′ TGCA
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • FcB
SdaI, Sse8387I
Sca I AGT⇅ACT Blunt
  • 37°
  • III
  • 80°
  • FcB
ZrmI
Sda I CC↑TGCA↓GG 3′ TGCA
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • FcB
SbfI, Sse8387I
Sfi I GGCCN↑NNN↓NGGCC 3′ NNN
  • 50°
  • II
  • No
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
-
SgrA I CR↓CCGG↑YG 5′ CCGG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
-
Sma I CCC⇅GGG Blunt
  • 25°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • FcB
Cfr9I*, TspMI*, XmaI*
SnaB I TAC⇅GTA Blunt
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • CpG
  • FcB
BstSNI, Eco105I
Spe I A↓CTAG↑T 5′ CTAG
  • 37°
  • IV
  • 80°
  • FcB
AhlI, BcuI
Sph I G↑CATG↓C 3′ CATG
  • 37°
  • II
  • 65°
  • FcB
PaeI
Sse9 I ↓AATT↑ 5′ AATT
  • 55°
  • I
  • 65°
  • FcB
MluCI, TasI
Ssp I AAT⇅ATT Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • FcB
-
Stu I AGG⇅CCT Blunt
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • Dcm
  • FcB
Eco147I, PceI, SseBI
StyD4 I ↓CCNGG↑ 5′ CCNGG
  • 37°
  • IV
  • 65°
  • CpG
  • Dcm
  • FcB
Bme1390I*, BmrFI*, BstSCI, MspR9I*, ScrFI*

Double digest − Puffer-Kompatibilität

Der gleichzeitige Verdau mit zwei Restriktionsenzymen spart viel Zeit.

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Restriktionsendonukleasen

Was sind Restriktionsenzyme?

Restriktionsenzyme sind Enzyme, die kurze DNA-Sequenzen erkennen und schneiden können. Die auch als Restriktionsendonukleasen bezeichneten Enzyme treten unter anderem in Bakterien auf und dienen dort der Abwehr von Bakteriophagen. Insgesamt werden die Restriktionsenzyme in 4 Typen klassifiziert, die sich in der Spezifität der Spaltung und in der Struktur der Untereinheiten unterscheiden.

Bisher wurden etwa 3000 unterschiedliche Restriktionsenzyme beschrieben, die über 230 verschiedene DNA-Sequenzen erkennen. Restriktionsenzyme werden weltweit routinemäßig zur Modifizierung von DNA eingesetzt und sind ein unverzichtbares Werkzeug in allen molekularbiologischen Laboren.

 

Eine kurze Geschichte der Restriktionsenzyme

Die Grundlagen zur Erforschung der Restriktionsenzyme gehen auf die Arbeiten von Luria et al. zu Beginn der 1950er Jahre zurück [1]. Das Team um Luria beobachtete, dass der Bakteriophage λ gut in einem E. coli-Stamm (z.B. E. coli C) wachsen konnte, in anderen Stämmen (z. B. E. coli K) allerdings ein schlechtes Wachstum aufwies. Die Wirtszelle (in diesem Fall E. coli K) wurde als Restriktionswirt beschrieben, mit der Fähigkeit die biologische Aktivität des Phagen λ zu verringern.

Der Begriff Restriktionsenzym wurde erstmals in den 1960er Jahren in den Laboratorien von Arber und Meselson erwähnt. Arber und Meselson haben herausgefunden, dass die Restriktion durch eine enzymatische Spaltung der Phagen-DNA verursacht wird. Das an diesem Prozess beteiligte Enzym wurde als „Restriktionsenzym“ bezeichnet [2, 3]. Die von Arber und Meselson untersuchten Restriktionsenzyme waren Restriktionsenzyme vom Typ I, die DNA an zufälligen Stellen abseits der Erkennungsstelle spalten.

Im Jahr 1970 isolierten und beschrieben das Team um Smith das erste Restriktionsenzym des Typs II: Hind II [4]. Restriktionsenzyme vom Typ II sind für molekularbiologische Labore viel nützlicher, da Sie die DNA an der Stelle ihrer Erkennungssequenz schneiden. Für die Entdeckung der Restriktionsenzymen und ihrer Anwendung auf die Molekulargenetik erhielten Smith, Arber und Nathans 1978 den Nobelpreis für Medizin und Physiologie.

 

Erkennungssequenzen

Alle Restriktionsenzyme erkennen eine spezifische DNA-Sequenz. Die Erkennungssequenzen der Restriktionsenzyme bestehen meist aus palindromischen Sequenzen, die gegenläufig bei komplementärer Basenpaarung die gleiche Basenfolge haben. Der Schnitt kann entweder in der Mitte beider DNA-Stränge erfolgen, wodurch sogenannte „blunt ends“ erhalten werden, oder versetzt sein, wodurch klebrige Enden („sticky ends“) erzeugt werden.

 

Typen von Restriktionsenzymen

Basierend auf der Struktur, den Cofaktoranforderungen und der Spezifität der Spaltung werden vier Typen von Restriktionsenzymen unterschieden.

Typ I Restriktionsenzyme schneiden die DNA an einer zufälligen Stelle weit von der Erkennungssequenz entfernt. Diese Enzyme benötigen sowohl ATP als auch S-Adenosyl-Methionin.

Typ II Restriktionsenzyme schneiden die DNA innerhalb oder in unmittelbarer Nähe der Erkennungssequenz. Diese Enzyme benötigen kein ATP und haben keine Methyltransferase-Aktivität. Restriktionsenzyme vom Typ II sind für die molekularbiologische Arbeiten am geeignetsten. Alle Restriktionsenzyme von NIPPON Genetics EUROPE sind vom Typ II.

Typ III Restriktionsenzyme spalten die DNA etwa 20 bis 25 Basenpaare von der Erkennungssequenz entfernt. Diese Enzyme benötigen kein ATP und transferieren eine Methylgruppe von S-Adenosyl-Methionin.

Typ IV Restriktionsenzyme schneiden nur methylierte/hydroxymethylierte DNA. Dagegen werden die Restriktionsenzyme vom Typ I-III durch Methylierungen gehemmt.

 

Doppelverdau

Eine Vektor- und eine Insert-DNA können durch Schneiden mit zwei unterschiedlichen Restriktionsenzymen kloniert werden, wodurch zwei unterschiedliche Restriktionsenden erzeugt werden. Diese Strategie verhindert, dass der Vektor ohne Insert ligiert wird, was zu einer starken Verringerung der Selbstligation und einer Erhöhung der Klonierungseffizienz führt. Die meisten unserer Restriktionsenzyme sind im FastCut Buffer zu 100 % aktiv, was die Doppelverdauung einfach macht. Bitte sehen Sie sich die Leistungstabelle an, um einen Doppelverdau mit den vier Standardpuffern durchzuführen.

FastGene® Double Digest Tabelle (download)

 

Aktivität des einzigartigen FastGene®-Puffers

NIPPON Genetics EUROPE bietet vier Standardpuffer, die die Aktivität jedes Restriktionsenzyms in dem mit dem Enzym gelieferten Puffer maximal unterstützen. Einige Restriktionsendonukleasen erfordern jedoch einen einzigartigen Puffer für maximale Aktivität. Sehen Sie sich die folgende Tabelle an, um einen Puffer für die Doppelverdauung auszuwählen, wenn ein Restriktionsenzym einen einzigartigen Puffer erfordert. Aufgelistet sind die Aktivitäten (%) der am häufigsten verwendeten Restriktionsendonukleasen in den fünf einzigartigen FastGene®-Puffern für EcoR I, BamHI, Acc III, Bal I bzw. Dpn Il. Ein Restriktionsenzym ist normalerweise in einem einzigen Puffer aktiv, wenn es in einem der vier Standardpuffer aktiv ist. Daher ist es möglich, einen Doppelverdau in einem bestimmten einzigartigen Puffer durchzuführen. Wenn die Verdauungseffizienz aufgrund des suboptimalen Puffers gering ist, erhöhen Sie die Menge an Restriktionsendonukleasen oder inkubieren Sie über einen längeren Zeitraum.

FastGene® Double Digest Tabelle (download)

 

Literaturangaben

[1] Luria and Human (1952) A nonhereditary, host-induced variation of bacterial viruses. J Bacteriol., 557-569.

[2] Arber and Linn (1969) DNA modification and restriction. Annu Rev Biochem., 467-500.

[3] Meselson and Yuan (1968) DNA restriction enzyme from E. coli. Nature, 1110-1114

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